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退耕還林工程實施以來，建立健全了云南省林業和草原局負責管總，云南省退耕還林辦公室牽頭組織協調，以云南省林業和草原科學院為主體，大學、科研機構等相關專業技術單位協作參與監測的機制。每年安排相應工作經費專門用于退耕還林生態效益監測工作，定期不定期開展生態效益監測業務培訓，統一標準、明確要求，不斷提升監測水平。

按照《退耕還林工程生態效益監測與評估規范》《森林生態系統服務功能評估規范》標準，以退耕地還林、荒山荒地造林、封山育林三大退耕還林工程建設項目類型為重點，依托生態效益專項檢測站、生態定位站、輔助站，通過對16塊固定樣地和80塊臨時樣地的觀測，2024年完成7萬余條數據的收集、匯總、分析，全面夯實監測基礎。

科學設定監測指標體系

采用分布式測算方法，按照喬木生態林、經濟林、竹林、灌木林4類林種和優勢樹種（組）的三級分布式測算等級，劃分為5個相對均質化的生態效益測算單元，對工程區的涵養水源、保育土壤、固碳釋氧、林木積累營養物質、凈化大氣環境、生物多樣性保護、森林碳匯等7類功能20項指標進行評估，確保監測質量。